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交叉设计（Cross-over Design）是一种特殊的自身配对设计，具体操作是按照事先设计的试验次序，将研究对象先后实施各种处理。比如两种处理（A、B）、两阶段（Ⅰ、Ⅱ）的交叉设计，就是将条件近似的试验对象随机分为两组，分别接受A和B的处理，这是试验的第Ⅰ阶段；其后进入第Ⅱ阶段，在第Ⅰ阶段接受A处理的研究对象在第Ⅱ阶段接受B处理，而在第Ⅰ阶段接受B处理的研究对象在第Ⅱ阶段接受A处理，由于两种处理（A、B）在全部试验过程中是交叉进行的，所以这种设计被称为交叉设计。
示例：为比较血液透析过程中，低分子肝素钙(A)与速避凝（B）对凝血酶原时间（TT）的影响，选择20例接受血液透析的病人为研究对象，采取二阶段交叉设计。
导入数据
只考虑主效应，不考虑交互作用。
点击“确定”，查看结果
从主体间因子可以看到有两个阶段，透析病人为20，两种药物
先按阶段分为两个阶段。两种药物，对每位病人的平均值。
不同药物drug间比较，显著性大于0.05，两种药物间凝血酶原时间差异无显著性意义；不同阶段stage间比较，显著性大于0.05，两阶段间凝血酶原时间差异无显著性意义；不同个体subject间比较，显著性小于0.05，可以认为不同个体间凝血酶原时间差异有显著性意义。
